会計処理はパソコンで行っていても、在庫管理は手作業で行っている企業は少なくないです。根本原因は、お金の管理者と製品の管理者は別人であること、当然といえば当然ですが、社内での生産性を上げるためには、お金の管理と製品の管理において情報（データ）の共有が必要です。
ではどのようにすれば、情報（データ）の共有で社内での生産性を上げるられるでしょうか？
在庫管理をパソコンで行うためには、会計処理をパソコンで行っている場合は、製品ができて在庫を行った時（在庫数　＋１）に仕入として伝票を作成しましょう。売上データを入力したときは出荷とする（在庫数　ー１）。　但し、製品の管理者は適切な在庫情報を、お金の管理者に知らせることが必要です。
棚卸の時期は各社マチマチだと思いますが（1か月、3か月、半年・・）、
・棚卸の時期に、仕入データをＣＳＶファイルとしてエクスポートします。（略称：Ａ）
・同時に売上伝票もＣＳＶファイルとしてエクスポートします。（略称：Ｂ）
・AccessあるいはExcelなどで、ＡとＢを使用して在庫管理が行えます

この方法は、単純に、在庫数（仕入）から売上数を差引き、上記処理を行った時点での製品の在庫数が把握できます。
在庫管理システムと呼称されるものは、数多くありますが先ずは、自社で作成してみましょう。

参考
棚卸し作業の効率化